Sultan İkinci Mustafa, 6 Şubat 1664 günü, İstanbul'da dünyaya geldi. Babası Sultan Dördüncü Mehmed, annesi Emetullah Rabia Gülnuş Sultan'dır. Annesi Girit asıllıdır. Kuvvetli bir ilim tahsili yaptı. Tahta geçtiğinin üçüncü günü yapacağı işleri anlatan bir hatt-ı hümâyûn yayınladı. Yazısında: "Zevk, sefa ve rahatı kendimize haram eylemişizdir" diyordu. Yine vezirlerinden birine yazmış olduğu yazı şöyledir: "Bana ağırlık ve hazine lâzım değil. Yerine göre kuru ekmek yerim. Vücudumu din uğruna harcarım. Sıkıntının her çeşidine sabrederim. Milletime hizmet tamam olmadıkça, seferden dönmem. Elbette sefere bizzat kendim giderim".
Erkek çocukları: Birinci Mahmud, Üçüncü Osman, Üçüncü Ahmed, Küçük Ahmed, Hüseyin, Selim, Mehmed, Murad, Osman

Kız çocukları: Ümmügülsüm, Ayşe, Emetullah, Emine, Rukiye, Safiye, Zahide, Atike, Fatma, Zeyneb, Zahide.