Sultan Birinci Mustafa, 1592 yılında, Manisa'da doğdu. Babası Sultan Üçüncü Mehmed, annesi Handan Sultan'dır. Sultan Birinci Mustafa güzel yüzlü, seyrek sakallı, sarı benizli ve iri gözlü bir padişahtı. İki defa padişahlık yaptı. Sinirli bir yapıya sahipti.
Sultan Birinci Mustafa, ağabeyi Sultan Birinci Ahmed'in padişahlığı süresince, on dört yıl sarayın bir odasında hapis hayatı yaşadı. O devirde bu gerekli görülüyordu. Aksi halde şehzadeler devlet yönetimine karışıyor, hatta padişahı devirmek için harekete bile geçebiliyor ve devlet birliği tehlikeye düşüyordu. Buna meydan vermemek için
şehzadeler "izale" olunur veya bir odaya
kapatılırdı. Sultan Birinci Ahmed, tahta geçtiğinde kardeşini öldürtmemiş, ancak sarayda mahbus tutmuştur. Kafes hayatı denilen bu süre sonunda Sultan Birinci Mustafa, Osmanlı hanedanının en büyük erkek evlâdı olması dolayısıyla tahta çıkarılmış fakat kısa sürede dengesiz hareketleri görüldüğünden ulemâ, asker ve devlet erkânının ittifakı ile hal (tahttan indirme) edilmiştir. Sultan Genç Osman'ın tahttan indirilip katlinden sonra bir kez daha cülûs etmişse de bir buçuk yıl sonra aklî dengesizliği nedeniyle tekrar tahttan indirilmesi icab etmiştir.

Sultan Birinci Mustafa ile birlikte kardeş katli nadiren görülmüş, artık şehzadeler sarayda kafes ardında tahta geçecekleri günü beklemeye başlamışlardır. Tabii vâlide sultanlar, şehzade anaları arasında rekabetler başlamış, her biri bir vezire ve diğer gruplara dayanarak entrikalarla padişah değiştirmeye çalışmışlardır.

Sultan Birinci Mustafa, dindar bir insandı. Sadaka vermeyi çok severdi. Hattâ sarayın havuzuna hizmetçilerin toplaması için para atardı. Saraydaki hayatını ibadet ederek, dinî eserler okuyarak geçiriyordu. Tahta geçmesi için ikinci kez davet edildiği zaman, odasında Kuran-ı Kerim okuduğunu ve padişahlık istemediğini bildirmişti.

Sultan Birinci Mustafa, ikinci padişahlığının başlamasından bir buçuk yıl sonra 10 Eylül 1623 tarihinde şeyhülislâm fetvası ile tekrar tahttan indirildi. Fetvanın gerekçesi olarak da "Aklî dengesi tam olmayan birisinin halife olamayacağı" gösterildi. Sultan Birinci Mustafa tahttan indirildikten on altı yıl sonra, 20 Ocak
1639 günü sinir hastalığından Topkapı Sarayında vefat etti.