Sultan Üçüncü Mehmed, 26 Mayıs 1566'da, Manisa'da doğdu. Babası Sultan Üçüncü Murad, annesi Safiye Sultan'dır. İsmini, Fatih Sultan Mehmed'e benzemesi için, büyük dedesi Kanûnî Sultan Süleyman koydu. Orta boylu, kumral saçlı ve güzel yüzlüydü. İyi bir ilim tahsili yaptı ve Tâcü't-Tevârih yazarı Hoca Sadeddin Efendi'den dersler aldı. Sultan Üçüncü Mehmed, 1583'te Manisa sancakbeyiliğine tayin edildi. 1595 yılının Ocak ayına kadar görev yaptığı Manisa'dan, Babasının ölüm haberi üzerine hareket ederek, 27 Ocak 1595 tarihinde geldiği İstanbul'da, Osmanlı tahtına geçti.
Sultan Üçüncü Mehmed, annesini çok sever, sayar ve dinlerdi. Bundan yararlanan annesi Safiye Sultan, Osmanlı sarayında hâkimiyet kurdu. Bazı konularda Padişahı zorlayıp istediğini yaptırıyor, bu da devlet işlerinde karışıklıklara sebep oluyordu. Dindar olup, tasavvufa da son derece meraklıydı. Hz. Muhammed'in ismi anılınca, saygısından derhal ayaga kalkardı. Üçüncü Mehmed devri, duraklama dönemine rastlar. Sultan Üçüncü Mehmed, kolayca üzüntüye kapılır, yemekten, içmekten kesilirdi. Celâlî isyanları ve İran savaşlarının çok uzun sürmesi onu büyük üzüntü içinde bıraktı. İçkiyi sıkı bir şekilde yasaklayıp, bütün gizli meyhaneleri kapattırdı.

Erkekçocukları: Birinci Ahmed, Birinci Mustafa, Selim, Mahmud