Bakterilerdeki nukleik asitler, RNA (ribonukleik asit) ve DNA (deoksiribonukleik asit) karakterindedir. DNA, genellikle, sabit bir durum göstermesine karşın, RNA üreme durumuna göre değişmektedir. Bakteri kuru ağırlığının %2-5'ini oluşturan nukleik asitlerin molekül ağırlıkları milyonun üstündedir. Bakteride başlıca 3 tür RNA vardır. Bunlarda, ribosomal RNA (rRNA), transfer RNA (tRNA) ve mesenger RNA (mRNA)'dır.
Bakterilerdeki DNA, sarmal ve çift iplikçikli iki adet polinukleotid'den oluşmuştur. Yapısında, pürin veya pirimidin bazlarından biri + pentoz şekeri (2-D-oxy D-riboz) + fosforik asit (H3PO4) bulunur. RNA'da ise pentoz şekeri sadece D-riboz olur.