Organik kısım bakteri kuru ağırlığının %40-90'ını oluşturur. Organik bileşiklerin bazıları makromolekül (protein, polisakkarid, lipid, nukleik asit, vs.) ve diğer kısmı da mikromolekül (aminoasitler, monosakkaridler, organik asitler, koenzimler, v.s) halinde bulunur. Başlıca organik komponentler